生物物理学講座

(平成26年4月より生体分子動力学講座から上記講座名に改称しました)

北里大学 理学部 物理学科 /
北里大学大学院 理学研究科 生物科学専攻

S号館305室

北里大学

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分子動力学シミュレーションとプロテオミクス実験という最先端の研究分野を開拓しています. 平成26年4月現在、教員4名、大学院生8名、卒研生11名、および、数名の実験技術者、他機関からの共同研究者がいます.

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4年生の卒業研究打ち上げ会


分子動力学ユニット:  教授 / 米田 茂隆 助教 / 渡辺 豪

新時代の巨大分子動力学シミュレーション


口蹄疫ウイルス
外殻蛋白質断面図
分子動力学シミュレーションとは、多数の原子の運動方程式をコンピュータで数値的に解いて、原子運動の軌跡をシミュレートする計算物理学の研究手法です。

コンピュータとシミュレーション技術の進歩により、世界的に、近年は原子数が20万個、計算時間は数マイクロ秒という超巨大な分子動力学シミュレーションが実用化されています.

さらに巨大で長時間のシミュレーションを目指して、新しい計算技術の提案と実際のプログラムの開発を行っています.

左の図は計算対象であるウイルスの外殻蛋白質です.ウイルスによりますが、原子数は数百万個から数千万個に及びます


疾患プロテオミクスユニット:  准教授 / 小寺 義男 講師 / 大石 正道

新時代のフーリエ変換質量分析法や電気泳動法

関連リンク:理学部附属プロテオミクスセンター


血液中の診断マーカータンパク質の
質量分析結果
真空中で原子や分子を飛翔させ電場や磁場で分離する質量分析法は古くからある物理学的実験法ですが、最近の進歩はめざましく、例えば、微量な高分子を超高精度で検出することができるフーリエ変換質量分析機等の新時代の技術が出現しています.

本ユニットでは、理学部附属疾患プロテオミクスセンターと連携しつつ、新時代の質量分析法や電気泳動法を生体内ペプチドの高精度な検出に応用するプロテオミクスと呼ばれる研究領域を開拓しています.

左図では、病気特異的なタンパク質の信号()が治療に伴って減少しています.これは治療が病気に対して有効であったことを示しています.


大学院、修士論文、博士論文の題名(H25年2月発表)
学位名前題名
理学博士斎藤質量分析計による診断マーカー確立を目指した包括的な技術開発とその応用
理学修士高橋質量分析計を用いた血中タンパク質高精度比較分析法の開発と腎癌マーカー探索への応用
理学修士広島4量体型サルコシン酸化酵素の酵素−基質複合体の分子動力学的解析

学部4年生の卒業研究の題名(H25年2月発表)
名前題名
佐藤分子動力学シミュレーションによるアミノ酸側鎖類縁体の水和自由エネルギー計算
田中分子動力学法を用いた有機化合物の水和自由エネルギーの評価
猪瀬モイスチャーチェッカーを用いた各種タンパク質の化粧水に与える保湿効果の評価
清水ニワトリの運動性の違いによる速筋と遅筋のタンパク質成分の比較
遠藤LC-MSによる血中タンパク質の機能状態変化の分析を目指したアプローチ
小寺独自のペプチド抽出法とLC-MSを組み合わせた血漿成分分析の基礎的検討
小林独自の血漿タンパク質分画法とLC-MSを組み合わせた血漿成分分析の基礎的検討
平岡高精度比較分析法を用いた香蘇酸の抗うつ様作用に関連した血漿タンパク質の探索