DATA SCIENCE 北里大学のデータサイエンス

トランスオミクス ―複数の階層から生命を俯瞰する― Trans-Omics (TO)

ゲノム(DNA)、トランスクリプトーム(RNA)、プロテオーム(タンパク質)、メタボローム(代謝化合物)などを対象に、複数種類のデータを組み合わせた解析を行う研究室です。性質の異なるデータを横断的に解析し、より精度の高い情報や新たな知識の獲得を目指します。新たな生命現象の解明や病気の発症メカニズムの解明、さらには治療薬や治療法の開発につなげていきます。

  • 教授 : 河野 信
キーワード :
ゲノミクス トランスクリプトミクス プロテオミクス メタボロミクス

DNA・RNAを測定するシーケンサやタンパク質・代謝化合物を測定する質量分析計の高性能化により、短時間で大量のデータが得られるようになりました。これらのデータはデータベースに保存され、インターネットを通じて誰もが利用できるように共有されています。これらの性質が異なるデータを統合し、新たな生命現象の発見につなげていきます。ただし、それぞれのデータには分子の性質や測定方法の違いがあるため、それぞれを適切に扱う必要があります。複数階層のデータをどのようにモデル化し統合解析すればよいか研究しています。
また、これら性質の異なるデータを取り扱う際に、データを探せる(Findable)、自由に入手できる(Accessible)、お互いにつながる(Interoperable)、使える(Re-usable)ことが重要です。これらを実現するためのデータ表現やデータの格納方法についても研究しています。

研究室NEWS

河野 信

もともとは微生物を使った実験研究をしていましたが、生命を理解するためにはより俯瞰的に見る必要性を感じ、コンピュータを使った研究を行うバイオインフォマティクスの世界に飛び込みました。現在はプロテオームを中心に研究していますが、より多様なデータを使って研究していきたいと思っています。音楽と、お米から作ったジュースが好きです。

複数オミクスデータの統合解析

これまでゲノムやプロテオームなど、それぞれのオミクス階層で独立に研究が行われていました。しかしながら、生物は環境も含めた複雑な要素が相互に連携したシステムとして成り立っています。複数階層のオミクスデータを統合して解析を行うことで複雑な生命現象の解明を目指します。

ゲノム解析

様々な生物で解読されたゲノムデータを比較し、遺伝子や転写制御領域が進化してきた過程を復元することにより、様々な生命現象の成り立ちと進化を解明します。
1細胞レベルで起きている生命現象をDNA配列解読により計測し、生物のかたちづくりや疾患の分子機構を理解します。

メタオミクス解析

腸内細菌や環境中の微生物をまとめて測定するメタゲノム・メタプロテオーム研究が盛んに行われています。これらのデータを統合して、環境中の微生物群とヒトとの関係について研究しています。

プロテオームデータの標準化・データベース開発

プロテオームのデータを他のオミクスデータとつなげる際に、データの項目や形式、使われる用語を統一しておく必要があります。このようなプロテオームデータの標準について、海外の研究者とも連携しながら開発しています。また、標準化されたプロテオームデータを共有するためのプラットフォーム、jPOSTプロジェクトも進めています。

coming soon

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